تأسس قسم المحاسبة مع تأسيس كلية الاقتصاد الخمس في العام الجامعي 1999 / 2000 م وفق النظام السنوي ويمنح القسم درجة البكالوريوس، وقد تخرج من هذا القسم المئات من الطلبة المتخصصين في مجال المحاسبة الذين يساهمون في سد الوظائف في الدولة الليبية، كما أن منهم العشرات الذين استمروا في دراستهم الأكاديمية داخل وخارج ليبيا لنيل درجة الماجستير، حيث تم تخريج أول دفعة في العام الجامعي 2002 / 2003 م، ثم تم تعديل نظام الدراسة بالكلية على أساس النظام الفصلي يدرس الطالب مدة (8) فصول دراسية، وتعتمد الدراسة بالقسم على المقررات الدراسية النظرية والعملية والميدانية، أول دفعة خرَّجها القسم كانت سنة: 2002 / 2003 م.

وتقضي الخطة الدراسية للقسم أن يجتاز الطالب للحصول على البكالوريوس (132) وحدة دراسية تشمل متطلبات خاصة بالقسم ومتطلبات للكلية وأخري تخص الجامعة.

ويتطلع القسم إلى تطوير التعليم المحاسبي بالقسم وتزويد الطلبة بكل ما هو مفيد ومستجد في مجال المال والأعمال، وكذاك من خلال حث أعضاء هيئة التدريس على المساهمة في المحافل العلمية والمساهمة في حل المشاكل المهنية.